工藤新一是一位经常帮助警察破案的17岁高中生侦探；某天新一和他的青梅竹马毛利兰在主题乐园游玩期间目击一位黑衣人正在进行的交易行动，他独自前往交易现场时太过于专注窥视而忽略黑衣人的同伙在自己背后，因此新一遭到击昏并且遭灌下代号为“APTX-4869”的神秘药物，虽然侥幸免难却发现自己变成小学生的模样。新一为了不让黑暗组织的成员发现他还没死使得自己的亲朋好友陷入危险当中，于是在邻居阿笠博士的建议下化名为江户川柯南寄住在小兰的父亲毛利小五郎家中。同时化名柯南的新一凭借著过人的推理能力以及使用阿笠博士为自己所发明的各种道具让小五郎成为全日本知名的名侦探“沉睡的小五郎”，他借由平时的案件调查找寻有关黑暗组织的线索与情报，借此找出让自己能够恢复原状的解药。